El Gobierno de Cuauhtémoc Blanco, a través de la Secretaría de la Contraloría, al realizar diversas investigaciones, procedimientos administrativos y denuncias penales, logró que la Secretaría de la Función Pública Federal diera por concluidas 525 observaciones de auditorías a recursos federales, por un monto de más de mil 800 millones ejercidos en los años 2005-2017.
Derivado del uso indebido de los recursos federales autorizados al Gobierno del Estado de Morelos en sexenios anteriores, se acumuló una deuda millonaria, es por ello que en la actual administración se realizaron diversos actos de fiscalización, consiguiendo así solventar el mal manejo de los recursos federales.